Guten Tag,
wenn eine gemeinnützige GmbH Buchführungsleistungen für Ihre 100%-ige TochterGmbH, die nicht gemeinnützig ist, erbringt, ist dass dann wirtschaftlicher Geschäftsbetrieb?

Ja, wenn das entgeltlich ist.

naja, eigentlich machen Sie es unentgeltlich, aber das ist den Buchprüfern der internen Revision jetzt unangenehm aufgestoßen.
Eine so geringe unentgeltliche Leistung für ein nicht gemeinnütziges Unternehmen sollte doch der Gemeinnützigkeit auch nicht entgegen stehen, oder ?

Eine unentgeltliche Leistung kann natürlich kein wirtschaftlicher Geschäftsbetrieb sein.
Ich sehe auch kein Problem, wenn die Leistung nur einen geringen Umfang hat. Das Finanzamt wird mangels Beleg- und Zahlungsgang auch kaum darüber stolpern