Hallo,

muss ein e.V., der ein Gewerbe angemeldet hat (Online-Marketing/Affiliate), sich grundsätzlich ins Handelsregister eintragen lassen?

Nein, die Eintragung in HR muss nur erfolgen, wenn das Unternehmen nach Art oder Umfang einen in kaufmännischer Weise eingerichteten Geschäftsbetrieb erfordert (§ 1 HGB).
Da geht es dann um Umsätze deutlich jenseits der 100.000 Euro.