Wir sind ein Verein mit dem Satzungszweck der Förderung von Wissenschaft und Forschung sowie Volks- und Berufsbildung.
Wir haben von einem Anbieter für Trainings-Materialien (z. B. Flipcharts, Moderationsmaterial) ein Kooperationsangebot vorliegen, nach dem unsere Mitglieder beim Einkauf 10 % Rabatt erhalten.

Wäre solch eine Vereinbarung schädlich für die Gemeinnützigkeit?

Schädlich ist das grundsätzlich nicht.
Die Frage wäre allenfalls, ob hier eine Werbeleistung für den Händler erbracht wird und ob die unvergütet bleibt.

Die Mitglieder erhalten im geschützten Mitgliederbereich einen Link und der Verein erhält keine Vergütung. Die Mitglieder werden lediglich auf die Möglichkeit hingewiesen.

Das halte ich für keine nennenswerte Werbeleistung. Wenn zwischen Verein und Händler kein Geld fließt (etwa in Form von Provisionen) wird das Finanzamt ohnehin kaum darüber stolpern.